Реэвакуация института из города Камня-на-Оби в Воронеж осуществлялась в несколько сроков.
Первая группа сотрудников во главе с заместителем ректора по учебной работе Н. П. Александровым приехала в Воронеж в феврале 1943 г.
Здесь они увидели страшную картину. Фашисты перед своим бегством взорвали и сожгли все, что еще не было разрушено. Город был мертв. Всюду горы развалин и черные остовы домов. Захватчики полностью уничтожили учебно-производственную базу СХИ. Были разрушены все учебные здания, в том числе и главный корпус, студенческие общежития, жилые дома.
На территории СХИ не удалось найти ни одного хотя бы маленького помещения, чтобы разместить в нем администрацию института. «Воронеж встретил нас пустыми «коробками» с зияющими оконными проемами, — вспоминал профессор С. Г. Богоявленский. — А улица Ленина, по которой нам приходилось следовать, представляла своеобразный пейзаж: от деревянных домиков, составляющих эту улицу, остались лишь фундаменты, виднелись остовы кроватей и других несгораемых предметов»
После больших поисков именно на этой улице был найден один единственный каменный домик под крышей. Здесь (ул. Ленина, 102) и начала свою работу первая группа сотрудников института, вернувшаяся из эвакуации.
Последняя группа работников института покинула гостеприимный город Камень-на-Оби 16 октября 1944 г. и в ночь на 30 октября прибыла в Воронеж. На территории СХИ восстановительные работы вела созданная в институте стройконтора. Нужно было хотя бы временно приспособить для жилья и учебы подвалы и коробки разрушенных зданий. Научные работники, служащие, рабочие и студенты на общественных началах отработали сотни тысяч часов. Каждый имел из них трудовую книжку, в которой отражалось его участие в восстановительных работах.
В первую очередь был частично восстановлен 15–й корпус (сейчас общежитие N 2), без водопровода и канализации, без парового отопления. В нем разместились кафедры, аудитории, выделили помещение для управленческого аппарата. Здесь же было и студенческого общежитие.
Осенью 1944 г. начались занятия студентов старших курсов в Воронеже. В трудных условиях военного времени, в период эвакуации вполне реальной была опасность рассредоточения института по другим сельскохозяйственным вузам страны.
К чести коллектива, институт не только сохранил свою цельность как учебное заведение, но и успешно выполнил стоявшие перед ним задачи. «Всего за годы войны было подготовлено и выпущено 454 специалиста, в том числе 182 инженера-механика, 173 агронома и 99 инженеров-землеустроителей, защищены 3 докторские и 10 кандидатских диссертаций, подготовлены учебники по свекловодству и эксплуатации сельскохозяйственного производства».
За доблестный и самоотверженный труд в годы Великой Отечественной войны Указом Президиума Верховного Совета СССР многие преподаватели, сотрудники и студенты были награждены медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».
За независимость Отчизны храбро сражались и погибли сотрудники и студенты института В. Д. Ананьев, Я. М. Васильев, М. Ф. Горбачев, Я. В. Доронин, Ф. А. Новик, И. Т. Петрин, Н. П. Попович, Н. В. Плотников, Я. И. Саврасов, А. И. Скоробогатько, А. С. Тихомиров, В. Н. Щербинин, В. В. Дергунов, И. И. Дуденков, И. Е. Есин.
Коллектив свято чтит память о всех, кто не вернулся с полей сражений, кто отдал жизнь, защищая Родину. Студентам СХИ. В. В. Сапожникову, Н. С. Куракину, С. Д. Карицкому присвоено звание Героя Советского Союза.
Один из номеров журнала «Огонек» того времени открывался запоминающейся фотографией-документом. На ней изображено разрушенное здание главного корпуса Воронежского СХИ. Под фотографией подпись, лозунг-призыв, рожденный в Воронеже: «Из груды развалин, из пепла пожарищ мы восстановим тебя, родной Воронеж».
Такие задачи и перед коллективом Воронежского сельскохозяйственного института. В одном из первых писем наркому земледелия А. А. Андрееву ректор института А. Н. Морыганов писал: «Быстрое восстановление Воронежского сельскохозяйственного института и довоенного в нем контингента студентов… будет по существу равносильно организации пяти новых средних сельхозвузов и даст нам возможность «сэкономить» 40 млн. рублей, сохранить старейший вузовский коллектив, оказать значительную производственную помощь сельскому хозяйству районов освобожденной полосы».
Восстановить институт было очень трудно. «Разрушения в городе и на территории института, -писал Г. А. Тищенков, работавший тогда доцентом, -производили такое удручающее впечатление, что некоторые члены коллектива на совете института и на общих собраниях неоднократно ставили вопрос о переводе института из Воронежа в один из областных центров Российской Федерации, не подвергшийся немецкой оккупации».
Некоторые работники проектных и строительных организаций настаивали построить новый комплекс учебного городка по имеющимся типовым проектам. Только к 1 сентября 1950 г. строители сдали в эксплуатацию первую (северную) секцию главного корпуса площадью 5,8 тыс. кв. м.
Еще раньше были восстановлены некоторые жилые корпуса и студенческие общежития. Это дало возможность уже в 1949 г. перевести филиал института из г. Усмань в Воронеж.