С самого начала Великой Отечественной войны коллектив института включился в оборонную работу. Не прекращая учебных занятий, многие преподаватели и студенты пошли работать в учебные мастерские, где реконструировалось военное снаряжение. Слесарем работал доцент Житков, станочником — профессор Першин.
В первый год войны в институте были организованы курсы по подготовке механизаторов для помощи колхозам и совхозам в уборке урожая. Более 500 школьников обучались на этих курсах. Из числа студентов и сотрудников института окончили курсы и принимали участие в помощи сельскому хозяйству 211 комбайнеров и 97 трактористов: среди них тт. Орехов, Третьяков, Курушин, Елецкий, Лавров.
Более 200 000 рублей (в старом исчислении) внесли сотрудники и студенты на подарки бойцам и на строительство танков и самолетов, за что коллектив института получил благодарность от правительства.
В конце мая 1942 г. была сброшена первая бомба на территорию СХИ. В плане возможной эвакуации вузов Воронежа нам отвели Алтайский край. Вечером 3 июля институту предложили эвакуироваться.
В главном корпусе остались лишь некоторые работники: И. А. Архангельский, доценты Жаботинский, Богославская, Матвеевский и др. Они были свидетелями того, как с 8 по 18 июля горело это прекрасное здание.
Потолок бомбоубежища так нагревался, что людям приходилось переходить в другие отсеки. В августе воинские чисти совместно с начальником милиции т. Харьковым вывезли их. Эта группа направилась в Алтайский край и прибыла к месту эвакуации почти на месяц раньше основного состава.
В конце октября 1942 г. в Камне-на-Оби начались занятия на факультетах. В 1943 г. Наркомат земледелия передал институту третье отделение 51–го молочного совхоза, в котором было несколько тысяч гектаров земли, 200 коров, много овец, свиней.
Ученые института оказывали большую помощь краю в решении вопросов, связанных с увеличением производства зерна и другой сельскохозяйственной продукции. По указанию Политбюро ЦК ВКП(б) при крайкоме партии была организована комиссия для изыскания путей повышения урожайности сельскохозяйственных культур в крае.
Профессора П. В. Карпенко, П. Н. Першин, В. В. Квасников работу в институте совмещали с исполнением обязанностей заместителей председателей колхозов.
На Алтае Воронежский СХИ отметил свое 30–летие. В феврале 1944 г. состоялась научная конференция, посвященная юбилею. На ней было заслушано 23 доклада.
Отмечалось, что за 30 лет институт подготовил более 4 000 агрономов, землеустроителей, механизаторов, более 10 000 человек окончили курсы повышения квалификации.
На юбилейном торжественном заседании 26 февраля крайком ВКП(б) и крайисполком выразили благодарность коллективу института за работу, проделанную в сельском хозяйстве края, и наградили Почетными грамотами и ценными подарками большую группу научных работников и студентов.
С чувством огромной радости встретил коллектив Воронежского СХИ известие о полном освобождении своего родного города от немецко-фашистских захватчиков.